这些优势是有代价的, 然而, 以运河通行费的形式, 这对大型航运公司来说，每年可达数千万美元. 因此，ICS非常重视与巴拿马运河管理局(ACP)和苏伊士运河管理局(SCA)保持对话。, 这两者都合理地依附于利润最大化，以支持各自国家的经济.

2020年2月, 在很短的时间内, ACP实施了10美元的额外“淡水费”,超过125英尺的船只通过运河. 新的收费旨在解决巴拿马运河主要水源的历史低水位问题, 加通湖, 尽管非加太还没有提出执行这些资金的明确计划. 这笔新费用由可变附加费补充, 可能会使一些船只的运输成本增加15%. 仅仅两个月后, 2020年4月1日, 大幅提高过路费的措施生效了, 导致一些船舶的额外成本增加高达17%. 所有这些费用加起来意味着，到2020年4月，一些船舶的中转成本将上涨30%以上. 正如国际商会在给非加太的声明中所强调的那样, 这加大了该行业的压力, 对全球经济也是如此, 在本已艰难的时刻, 而且没有足够的警告让整个行业做好准备.

在2020年上半年, 当时燃油价格急剧下跌, 越来越多的船只选择绕过这些国际运河, 尽管航行时间更长, 主要是出于成本效益的考虑. 有几艘船选择了绕过好望角的航线，完全绕过了苏伊士运河.

作为对这些发展的回应, 以及新型冠状病毒肺炎。的爆发, ACP和SCA都宣布是临时的
救济措施以维持收入, 哪一个。, 由于大流行期间旅游业的崩溃, 现在是埃及最大的外汇收入来源. SCA对2020年5月1日至6月30日期间通过苏伊士运河的集装箱船的过境费进行了一些减免, 提供17%至75%不等的返点(视乎旅行方向而定). 而非加太没有提供任何降低成本的措施, 2020年4月, 它改变了巴拿马运河的预订系统，允许船只在过境前预先支付预订费用.